Изыскатели из Университета Иллинойса в Урбана-Кампейн добились прорыва в борьбе с распространением вируса иммунодефицита человека (ВИЧ). Новая статья в журнале Nature рассказывает о том, как изыскатели из Университета Иллинойса в сотрудничестве с Медицинской школой Университета Питтсбурга определили точную химическую структуру белковой оболочки, которая защищает генетический материал вируса и внедряет его в клетки человека, вызывая инфицирование.

Ни одно из существующих лекарств против ВИЧ не предполагает воздействие на белковую оболочку. Однако появление данных по её структуре может помочь в создании новых более эффективных средств против вируса, убившего за последние 30 лет примерно 25 млн людей и заразившего ещё 34 млн, по данным на 2011 год.

Самое крупное атомное моделирование, включающее 64 миллиона атомов, производилось с помощью одного из самых быстрых суперкомпьютеров Blue Waters (создан компанией Cray), общий производительность которого оценивается в 11,61 петафлопс. Причём 60% мощности обеспечивают 45 280 процессоров AMD Opteron 6276 @2,3 ГГц (Interlagos) с 8 ядрами Bulldozer, а остальные 40% — ещё 3072 процессора и столько же ускорителей NVIDIA Tesla K20X, основанных на ядре GK110 с архитектурой Kepler.

«Мы перешли на графические ускорители более 5 лет назад, и они значительно ускорили темп наших исследований» , — отметил Клаус Шультен (Klaus Schulten), профессор физики в Университете Иллинойса.

С планируемым увеличением количества GPU в системе Blue Waters учёные планируют расширить количество проводимых симуляций, чтобы углубить сведения о структуре и поведении белковой оболочки ВИЧ.

«Графические процессоры помогают раздвигать рамки научных открытий и решать самые сложные задачи, заглядывая внутрь наиболее сложных систем», — с гордостью отмечает Сумит Гупта (Sumit Gupta), директор по вычислительным решениям на базе Tesla в NVIDIA.