Изначально HTC Desire S работал на базе операционной системы Android версии 2.3.3. Новая прошивка позволит установить на смартфон более новую Android 2.3.5, а также фирменный интерфейс Sense версии 3.0. Теперь появятся новые анимации в переходах между пунктами меню и новые виджеты на домашнем экране, обновится система запуска устройства, а также станут доступными последняя версия Android Market и служба HTC Watch. Британские владельцы HTC Desire S, которые уже успели обновить прошивку своего устройства, отдельно отмечают улучшение производительности GPS-модуля, который стал не только точнее указывать местоположение владельца, но и быстрее находить спутники. Что касается доступности обновления ПО HTC Desire S для российских владельцев, об этом пока никакой информации нет.